Question

我正在尝试使用BioPerl从GenBank文件中提取CDS和相应的氨基酸序列。脚本如下所示：

while (my $seq_object = $in->next_seq){
for my $feat_object ($seq_object->get_SeqFeatures) {
    if ($feat_object ->primary_tag eq "CDS") {
    #   warn("all tags are ", join ("," , $feat_object->get_all_tags),"\n");        
        if ($feat_object->has_tag ("protein_id")){
            my ($protein_id) = $feat_object->get_tag_values('protein_id');
            my ($pseq) = $feat_object->get_tag_values('translation') ;
            my ($pepseq) = Bio::Seq->new(-id => $protein_id , -description => $seq_object -> accession_number,
                -seq => $pseq);
            $out->write_seq($pepseq);   
        }
    }
}

}

我收到错误消息： Filehandle GEN1仅在/Library/Perl/5.12/Bio/Root/IO.pm第533行148行打开。

请帮助我解决这个问题。

提前致谢

Answer 1

我将此作为答案添加，因为它可能是错误的来源。在为输出创建Bio::SeqIO对象时，必须遵循open的常规Perl规则，并指定该文件用于输出。所以，请尝试以下方法：

my $out = Bio::SeqIO->new( -file => ">Oct_test.fasta", -format => 'fasta');

这是一个非常容易忘记的事情，错误信息可能更具描述性。

BioPerl：提取CDS错误

1 个答案: