我发布这条消息纯粹绝望，因为我真的不知道还有什么可以尝试。我是bioperl的初学者，我正在编写一个脚本来解析我从MolQuest fgenesh得到的一些结果。结果以.txt格式输出，我想将它们解析为GFF和fasta文件中的mRNA和蛋白质序列，以便于与我们的其他结果进行比较。所以我找到了 Bio :: Tools :: Fgenesh 模块，我正在使用它编写脚本。问题是，BioPerl似乎不适用于我的ubuntu pc
我按照http://www.bioperl.org/wiki/Installing_Bioperl_for_Unix的说明进行操作。我设法以root模式安装CPAN（否则它不起作用）和BioPerl通过CPAN安装。所有测试都没问题，但是当我运行此脚本来测试安装时
use strict;
use warnings;
use Getopt::Long;
use Bio::EnsEMBL::Registry;
my $reg = "Bio::EnsEMBL::Registry";
$reg->load_registry_from_db(
-host => "ensembldb.ensembl.org",
-user => "anonymous"
);
my $db_list=$reg->get_all_adaptors();
my @line;
foreach my $db (@$db_list){
@line = split ('=',$db);
print $line[0]."\n";
}
我收到错误：“无法在@INC中找到Bio / EnsEMBL / Registry.pm”
我尝试通过Build.PL再次安装BioPerl，以root身份运行，但仍然得出相同的结果。
感谢您的帮助 Merche
答案 0 :(得分：3)
您似乎正在尝试使用Ensembl API。这不是BioPerl分发的一部分。有关如何安装它的详细信息，请参阅http://www.ensembl.org/info/docs/api/api_installation.html。我们不建议您将此安装在任何默认的Perl库位置，因为API与同一版本中的数据密切相关。 Ensembl每年提供4-5个版本，因此保持这一点可能很困难。
如果您有任何问题，那么您可以联系开发人员。我们有一个活跃的开发者邮件列表＆amp;帮助台。有关详细信息，请参阅http://www.ensembl.org/info/about/contact/index.html。
答案 1 :(得分：0)
你试过了吗？
» cpan
cpan shell -- CPAN exploration and modules installation (v1.960001)
Enter 'h' for help.
cpan[1]> install Bio::EnsEMBL::Registry
我注意到这不在您链接的页面上，暗示它应该是自动完成的，但是可能值得尝试。
答案 2 :(得分：0)
我遇到了与你一样的错误，在Windows 64x上工作。似乎Bio :: EnsEMBL :: Registry在我的Windows计算机上无法识别。 遵循所有ENSEMBL-API指令，我终于遇到了一个调试页面（http://www.ensembl.org/info/docs/api/debug_installation_guide.html）。运行C：\ src \ ensembl / misc-scripts / ping_ensembl.pl后，我再次收到与上面列出的相同的错误消息。
根据Windows的PERL API帮助，我需要运行＆＃34;设置PERL5LIB = C：\ src \ bioperl-1.2.3; C：\ src \ ensembl \ modules; C：\ src \ ensembl-对比试验\模块; C：\ SRC \ ENSEMBL-变异\模块; C：\ SRC \ ENSEMBL-funcgen \模块＆＃34;从cmd框。那样做了，但错误保持不变。
现在我包含了这些路径（C：\ src \ bioperl-1.2.3; C：\ src \ ensembl \ modules; C：\ src \ ensembl-compara \ modules; C：\ src \ ensembl-variation \ modules ; C：\ src \ ensembl-funcgen \ modules）直接在我的perl脚本中，这似乎有效。可能这不是这样做的方法，但只要它有效，我就开心了。 请参阅下面的示例脚本（基于Bert Overduin提供的练习）：
＃！/ usr / bin / perl -w
使用lib＆＃34; C：/ src / ensembl / modules＆＃34 ;;
使用lib＆＃34; C：/ src / ensembl / modules / Bio / EnsEMBL＆＃34 ;;
使用lib＆＃34; C：/ src / ensembl-compara / modules / Bio / EnsEMBL / Compara＆＃34 ;;
使用lib＆＃34; C：/ src / ensembl-functgenomics / modules / Bio / EnsEMBL / Funcgen＆＃34 ;;
使用lib＆＃34; C：/ src / ensembl-variation / modules / Bio / EnsEMBL / Variation＆＃34 ;;
使用严格;
使用Bio :: EnsEMBL :: Registry;
my $ registry =＆＃39; Bio :: EnsEMBL :: Registry＆＃39;;
$登记处送交＆GT; load_registry_from_db（
-host =＆gt; ＆＃39; ensembldb.ensembl.org＆＃39;，
-user =＆gt; ＆＃39;匿名＆＃39;，
-verbose =＆gt; ＆＃39; 1＆＃39;
）;
我的$ slice_adaptor = Bio :: EnsEMBL :: Registry-＆gt; get_adaptor（＆＃34; human＆＃34;，＆＃34; core＆＃34;，＆＃34; slice＆＃34;）;
在整个染色体X上获得切片
我的$ chr_slice = $ slice_adaptor-＆gt; fetch_by_region（＆＃39;染色体＆＃39;，＆＃39; 13＆＃39;，32_889_000，＆gt; 32_891_000）;
print＆＃34; ########################################## ############# \ n＆＃34 ;;
print $ chr_slice-＆gt; seq;
或者：
＃！/ usr / bin / perl -w
BEGIN {推@INC，＆＃39; C：/ src / bioperl-live＆＃39; C：/ src / ensembl / modules＆＃39;，＆＃39; C：/ src / ENSEMBL-对比试验/模块＆＃39;＆＃39; C：/ SRC / ENSEMBL-变化/模块＆＃39;＆＃39; C：/ SRC / ENSEMBL-functgenomics /模块＆＃39 ;;};
使用严格;
使用Bio :: EnsEMBL :: Registry;
my $ registry =＆＃39; Bio :: EnsEMBL :: Registry＆＃39;;
$登记处送交＆GT; load_registry_from_db（
-host =＆gt; ＆＃39; ensembldb.ensembl.org＆＃39;，
-user =＆gt; ＆＃39;匿名＆＃39;，
-verbose =＆gt; ＆＃39; 1＆＃39;
）;
我的$ slice_adaptor = Bio :: EnsEMBL :: Registry-＆gt; get_adaptor（＆＃34; human＆＃34;，＆＃34; core＆＃34;，＆＃34; slice＆＃34;）;
在整个染色体X上获得切片
我的$ chr_slice = $ slice_adaptor-＆gt; fetch_by_region（＆＃39;染色体＆＃39;，＆＃39; 13＆＃39;，32_889_000，＆gt; 32_891_000）;
print＆＃34; ########################################## ############# \ n＆＃34 ;;
print $ chr_slice-＆gt; seq;