Question

所以我试图解析一个FastQ序列，但我是Python的初学者，我对我的代码无效的原因感到有些困惑。这是该计划应该执行的：

如果我输入FASTQ seqname行...

@EAS139:136:FC706VJ:2:2104:15343:197393

...然后程序应该输出：

Instrument = EAS139
Run ID = 136
Flow Cell ID = FC706VJ
Flow Cell Lane = 2
Tile Number = 2104
X-coord = 15343
Y-coord = 197393

到目前为止，这是我未完成的代码：

class fastq:
    def __init__(self,str):
        self.str = inStr.replace ('@',' ').split (':')
    def lists (self,parameters):
        self.parameters = ("Instrument","Run ID","Flow Cell ID","Flow Cell Lane","Tile     Number","X-coordinates","y-coordinates")
    def zip (self,myZip,zippedTuple):
        self.Zip = zip(self.parameters,self.transform)
        self.zippedTuple = tuple(myZip)
        print (tuple(myZip))

def main():
    seq = input('Enter FastQ sequence:')
    new_fastq = fastq(str)
    new_fastq.lists()
    new_fastq.zip()

main()

Answer 1

您的代码无法正常工作的原因在于它或多或少完全错误。为了在尝试运行程序时按照我们的顺序解决您的错误：

main：
1. new_fastq = fastq(str)未传递我们刚输入的seq，它会传递内置字符串类型;
__init__：
1. 将参数调用fastq.__init__ str是一个坏主意，因为它掩盖了我们刚刚尝试传递给它的内置函数;
2. 但不管你怎么称呼它，在函数定义和它里面的内容之间保持一致 - 你认为inStr来自哪里？
lists：
1. 为什么__init__
2. 为什么不传递任何论据？
3. 论证parameters甚至是什么？
zip：
1. 不是定义打印对象的方法，而是定义返回字符串表示的fastq.__str__更Pythonic。然后你可以print(str(new_fastq))。话虽如此;
2. 再次，你掩盖了一个内置的。在这种情况下，它更像是一个问题，因为你实际上尝试使用掩盖它的方法内置的内置。称之为别的东西;
3. 再一次，你在定义中加入了不必要的论点，然后无论如何都不想通过它们;
4. self.transform应该是什么？在其他任何地方都没有提到它。你的意思是self.str（为了掩盖内置的而且实际上不是字符串），再次应该称之为其他内容？
5. myZip是您从未通过的论据之一，我认为您实际上需要self.Zip;但
6. 为什么要在下一行x = tuple(y)创建print(tuple(y))？ print(x) <！/ LI>

解决这些问题，加上一些PEP-008奖金整理：

class FastQ:

    def __init__(self, seq):
        self.elements = seq.replace ('@',' ').split (':')
        self.parameters = ("Instrument", "Run ID", "Flow Cell ID",
                           "Flow Cell Lane", "Tile Number",
                           "X-coordinates", "y-coordinates")

    def __str__(self):
        """A rough idea to get you started."""
        return "\n".join(map(str, zip(self.parameters, self.elements)))


def main():
    seq = input('Enter FastQ sequence: ')
    new_fastq = FastQ(seq)
    print(str(new_fastq))

main()

FastQ编程错误

1 个答案: