错误sh:1:fastqc:调用fastqc

时间:2018-01-07 11:01:56

标签: r bioinformatics fastq

我已经多次检查 fastqc 安装在bin文件夹和

library("fastqcr") 

也没有给出任何错误我仍然收到以下命令的 sh:1:fastqc:not found 错误

fastqc(fq.dir = "~/WES_Pipeline/Data",   # FASTQ files directory       
       qc.dir = "~/WES_Pipeline/FASTQC", # Results direcory
       threads = 4                       # Number of threads
      )

我无法弄清楚这个错误的可能原因是什么。

我目前在ubuntu 14.04中使用R-version 3.4.3,Bioconductor 3.6。

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