FastqGeneralIterator输出

Question

我正在使用FastqGeneralIterator，但我发现它从fastq文件的第1行删除了@，并且还删除了第3行的信息（它删除了整个第3行）。 我按以下方式在第1行添加了@：

for line in open("prova_FiltraN_CE_filt.fastq"):
fout.write(line.replace('SEQ', '@SEQ'))

我想添加第3行，以+开头，之后没有任何内容。例如：

    @SEQILMN0
    TCATCGTA....
    +
    #<BBBFFF.....

有人可以帮助我吗？

Answer 1

您可以使用String Formatting Operations %

var RRC = {
    connection:null,

   initialize:function(){
      connection = // creating new connection
  }
};

您使用from Bio.SeqIO.QualityIO import FastqGeneralIterator with open("prova_FiltraN_CE_filt.fastq", "rU") as handle: for (title, sequence, quality) in FastqGeneralIterator(handle): print("@%s\n%s\n+\n%s" % (title, sequence, quality))

获得fastq打印格式

@SEQILMN0
TCATCGTA....
+
#<BBBFFF....