来自qblast xml输出的个体命中基因信息

Question

我刚刚开始使用Biopython，我正在尝试使用qblast()功能执行远程BLAST操作。一切似乎都正常，但我无法检索必要的输出结果。当从NCBI网页执行BLAST时，我可以看到＆＃34;功能＆＃34;每个命中的字段，表示分配给查询核苷酸序列的给定命中受试者的基因。但是，在从qblast解析输出XML文件时，我看不到与此对应的字段。我已经直接从BLAST输出中导出了XML文件，并且它也在那里丢失了。

是否可能完全从此输出文件中丢失这样一个关键信息？是否有其他方法可以访问此信息，或者我是否只能通过以文本形式解析输出文件来访问它？

Answer 1

假设您拥有从qblast()获得的XML：

from Bio.Blast import NCBIXML


xml = NCBIXML.parse(your_xml_handler)

for blast in xml:     
    for hit in blast.alignments:
        # Each hit is a Blast.Record.Alignment
        # http://biopython.org/DIST/docs/api/Bio.Blast.Record.Alignment-class.html
        # Here you can obtain the hit id
        # Something like "gi|588481781|gb|KF958277.1|"
        id = hit.hit_id
        for hsp in hit.hsps:
            # Here you have access to each HSP
            # http://biopython.org/DIST/docs/api/Bio.Blast.Record.HSP-class.html
            start = hsp.sbjct_start
            end = hsp.sbjct_end

使用id，start和end，您可以查询数据库以获取基因信息。这就是它在WebBlast（可能）中的完成方式，但它们提供了＆＃34;功能＆＃34;的快捷方式。