我试图在WGCNA包中不使用TOMsimilarity()来计算拓扑重叠度量矩阵。在这个计算中，我需要对一个大的（44000x44000）对称矩阵进行平方。
是否可以通过仅使用矩阵的上三角或下三角来实现此目的？ 我已经看到它通过创建对称矩阵的距离矩阵来完成，但我希望有人可以引导我朝另一个方向发展。
目标是尽快完成计算。
目前，代码如下：
correlation<-cor(data)
adjacency<-(0.5*(1+correlation))^2
sum<-apply(adjacency,1, sum)
summatrix<-matrix(sum,ncol=length(sum),nrow=length(sum))
min.k<-pmin(summatrix, t(summatrix))
num<-adjacency%*%adjacency+adjacency
den<-min.k+1-adjacency
tom<-num/den
diag(tom)=1
disstom<-1-tom
提前致谢！