Question

我有几个来自白血病和淋巴瘤患者的微阵列数据集，我用rma eset <- rma (Data)进行了标准化。我想获得探针级别的中心，我可以使用哪个包？有人会推荐一个有用且强大的脚本来应用于我的数据集吗？例如：

Data <- ReadAffy (....)  #read raw CEL files
eset <- rma (Data)       #rma normalization
expr_mat <- exprs(eset)  #get expression

这将为我提供一个表格，其中包含我的样本的rma标准化探针。我可以在这里添加什么代码来获取log2探针级别的中心值？谢谢！

Answer 1

NB rma数据已经是log2值。以下将表示探针/行的中心虚拟数据示例：

> m=1:40
> dim(m)=c(10,4)
> m
      [,1] [,2] [,3] [,4]
 [1,]    1   11   21   31
 [2,]    2   12   22   32
 [3,]    3   13   23   33
 [4,]    4   14   24   34
 [5,]    5   15   25   35
 [6,]    6   16   26   36
 [7,]    7   17   27   37
 [8,]    8   18   28   38
 [9,]    9   19   29   39
[10,]   10   20   30   40

然后通过回收的魔力，逐行扩大

> m-rowMeans(m)

      [,1] [,2] [,3] [,4]
 [1,]  -15   -5    5   15
 [2,]  -15   -5    5   15
 [3,]  -15   -5    5   15
 [4,]  -15   -5    5   15
 [5,]  -15   -5    5   15
 [6,]  -15   -5    5   15
 [7,]  -15   -5    5   15
 [8,]  -15   -5    5   15
 [9,]  -15   -5    5   15
[10,]  -15   -5    5   15

R bi标准化探针与R bioconductor的探针水平平均中心

1 个答案: