如何使用biomaRt将agilent探针ID列表转换为基因符号并具有na值？

Question

我正在尝试使用biomaRt将超过90k探针ID的列表转换为基因符号，但是遇到了问题。使用getBM函数，我可以看到只有22k的具有相应的基因符号，但输出是长度为22k的向量，我无法看到与初始探测ID列表的对应关系。使用getBMlist，我可以获得一个输出，其中为那些不匹配的探测器指定了na值，但该函数给出了一条警告消息，指出getBMlist不适用于大型列表。如何获得90k基因符号和na值的输出？

Answer 1

要获取probeID和基因符号之间的映射，您需要在biomaRt属性中包含probeID。

以下是我使用安捷伦微阵列进行的一些工作的方法：

<a href="#" class="my-button">
  <svg viewBox="0 0 297 149" class="my-icon">
     <use xlink:href="svgsprite.svg#my-icon"></use>
  </svg>
</a>

有一个非常好的biomaRt tutorial通过相同的过程引导你。如果运行此代码，您会注意到一个探针将具有hgnc_symbol的“”，这是因为它存在于整体市场但没有指定的基因符号。