Question

我正在尝试通过R运行名为test.r的{{1}}脚本。我的qsub脚本如下：

如果在Ubuntu终端中输入#!/usr/bin/Rscript x <- 1 write.csv(x,"test.csv")，则脚本按计划行事; R CMD BATCH test.r导出到同一目录中。

但是，如果我创建一个名为test.csv的{{1}}脚本并通过命令bash运行它;它会运行没有错误，但输出不会在那里。

testbash.sh

如何解决这个问题？

Answer 1

尝试将R脚本修改为：

#!/usr/bin/Rscript
x <- 1
print(getwd())
write.csv(x,"test.csv")

当您通过qsub运行脚本时，该脚本通常在另一台服务器上运行，默认情况下在您的主目录中运行。您需要更改脚本中的原始目录，其中有一个变量PBS_O_WORKDIR：

#!/usr/bin/bash
#PBS -N qsub_R_test
echo We are in the $PWD directory
cd $PBS_O_WORKDIR
echo We are now in $PBS_O_WORKDIR, running an R script.
R --vanilla < test.r > test.log 2> test.log

我通常无法使用R CMD BATCH，但重定向到R -vanilla有效。您还可以在脚本中指定PBS的选项，从#PBS开始，就像本例中的作业名称（qsub_R_test）一样。

您可以在此处获得更详细的qsub参数列表： http://www.csc.fi/english/pages/louhi_guide/batch_jobs/commands/qsub

这里有一个PBS脚本示例： http://bose.utmb.edu/Compu_Center/Cluster_users/PBS%20HOWTO/PBS_HOW_TO.html

Answer 2

你可能做错了。如果你有像

这样的shebang系列

#!/usr/bin/Rscript

然后“简单地”对文件执行chmod 0755 test.r，然后运行它：

./test.r

这应该可行，然后您可以在qsub调用的脚本中进行调用。

通过qsub运行R脚本

2 个答案: