Question

或许是关于SGE上的qsub的一个愚蠢的问题。

我通过脚本提交作业

#PBS -V
#PBS -l select=1:ncpus=20:mpiprocs=20,walltime=01:00:00 
#PBS -o /path/to/out.file
#PBS -e /path/to/errors.txt
#PBS -q smp
#PBS -m ae
#PBS -M myemail@address
#PBS -P Projectname
#PBS -I
#PBS -N Job

 mpirun -np 20 mpiexecutable args input.file

＆＃34; mpiexecutable＆＃34;是对input.file进行操作以最小化其参数，然后再将它们写入input.file。

我的工作正在进行中。但input.file保持不变。我认为有

1）我的PATH中缺少一些东西，或

2）群集无法写入input.file的其他原因。

为了排除故障，我需要知道：

1）如何找出作业运行的位置（即作业运行的路径是什么 - 应该与工作目录中的路径相同，当然？） 2）我如何找到工作写到的位置？

非常感谢你的帮助！

Answer 1

我刚刚取得了一些进展！我认为继续处理这样一个问题的最好方法是明确运行和编写作业的位置以及在哪里查找可执行文件和输入等。

考虑到这一点，我的新提交脚本是：

 #PBS -V
 #PBS -l select=1:ncpus=20:mpiprocs=20,walltime=01:00:00 
 #PBS -o /path/lfor/out.txt
 #PBS -e /path/for/errors.txt
 #PBS -q smp
 #PBS -m ae
 #PBS -M email@address
 #PBS -P Project-name
 #PBS -I
 #PBS -N Job

 module load importantmodules

 SRCDIR=$SCRATCH/my_project/code

 cp my_input_params.inp $RUNDIR

 RUNDIR=$SCRATCH/my_project/run-${PBS_JOBID/.*}

 mkdir -p $RUNDIR

 mpirun -np 20 $SRCDIR/mpiexecutable args < my_input_file.inp

我还没有尝试过这个，但是我的手指在说它有效。我从这个网站获得了一些很好的指令来改进提交脚本：https://wikis.nyu.edu/display/NYUHPC/Writing+and+submitting+a+job+-+content

让我们继续吧！我现在感觉轻微失去了

我怎么知道我的qsub作业在哪里运行/正在编写

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