Question

我通过qsub向服务器提交作业，然后想在作业完成后分析本地计算机上的结果。虽然我可以找到一种方法在服务器上提交分析作业，但不知道如何在我的本地机器上运行该脚本。

jobID=$(qsub job.sh)

qsub -W depend=afterok:$jobID analyze.sh

但不是上述内容，我想要像

这样的东西

if(qsub -W depend=afterok:$jobID) finished successfully
sh analyze.sh
else
some script

我如何完成上述任务？

非常感谢你。

Answer 1

我遇到了类似的问题，我将尝试勾勒出对我有用的解决方案：

提交实际工作后，

jobID = $（qsub job.sh）

我会在您的脚本中创建一个循环，用于检查作业是否仍在使用

运行

qstat $jobID | grep $jobID | awk '{print $5}'

虽然我不能100％确定状态是否在5h列中，但您最好仔细检查。当作业空闲时，状态将为I或Q，同时运行R，之后为C。

一旦完成，我通常会在输出文件中查找运行成功与否的迹象，然后运行相应的后处理脚本。

Answer 2

对我有用的一件事是使用qsub与选项

同步

qsub -sync y job.sh

（在命令行上或作为

#$ -sync y

在脚本（job.sh）本身。

只有当作业（或所有阵列作业）成功完成时，qsub才会以代码0退出。