qsub:在linux脚本中包含对R提示的响应

时间:2015-11-14 19:52:43

标签: r linux qsub r-package

我正在尝试安装" rpud"来自生物传导器的包装:

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("rpud")

这正常执行,但随后列出了几个旧的包依赖项,并询问我是否要更新它们:

Update all/some/none? [a/s/n]:

由于我将其提交给群集,因此无法回复此提示。有没有办法编写我的脚本,以便它响应" a"到这个提示?

此外,如果我回答" a"在上面的提示中,我收到了另一个提示:

Warning in install.packages(update[instlib == l, "Package"], l, contriburl = contriburl,  :
'lib = "/opt/linux/centos/7.x/x86_64/pkgs/R/3.2.0/lib64/R/library"' is not writable
Would you like to use a personal library instead?  (y/n)

我也想回复#34; y"对此。

谢谢!

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