Question

我们有两组时间间隔A和B。按间隔，我的意思是一对有序的整数，如c(2,5)。我想找到所有间隔对 - 一个来自A，一个来自B - 有重叠。

例如，如果A和B如下：

A=c(c(1,7), c(2,5), c(4, 16))
B=c(c(2,3), c(2,20))

然后FindOverlap(A, B)应返回如下所示的矩阵（唯一的零元素是因为A的第3个间隔与B的第一个间隔不重叠：

1 1
1 1
0 1

你有什么有效的想法吗？

Answer 1

interval包似乎在这里提供了一个解决方案：

require("intervals")
A <- rbind(A1=c(1,7), A2=c(2,5), A3=c(4, 16))
B <- rbind(B1=c(2,3), B2=c(2,20))

# here you can also define if it is an closed or open interval
Aint <- Intervals(A)
Bint <- Intervals(B)

# that should be what you are looking for    
interval_overlap(Aint, Bint)

A nice demonstration

Answer 2

这是我写的一个小功能，用来做同样的事情。它可以基本进行改进。虽然有趣的问题。

f <- function(A,B){
  tmpA <-  lapply( A , function(x) min(x):max(x) )
  tmpB <-  lapply( B , function(x) min(x):max(x) )
  ids <- expand.grid( seq_along( tmpA ) , seq_along( tmpB ) )
  res <- mapply( function(i,j) any( tmpA[[i]] %in% tmpB[[j]] ) , i = ids[,1] , j = ids[ ,2] )
  out <- matrix( res , nrow = length( tmpA ) )
  return( out * 1 )
  }

 f(A,B)
     [,1] [,2]
[1,]    1    1
[2,]    1    1
[3,]    0    1

查找间隔（段）的成对重叠

2 个答案: