如何在构建玩具化学模型时使用SMILES存储分子数据

时间:2013-07-17 12:34:03

标签: modeling

我目前正在建立一个基于Gillespie's algorithm的玩具化学模型。从{H,O,N,C}的食物集开始,我让我的系统进化,我一直将我的分子存储为SMILES格式的字符串。

例如:

[O] reacts with [H] --> [O] ([H])

[O] ([H]) reacts with [H] --> [O] ([H]) ([H])

使用方括号我已经能够使我的系统中的分子与SMILES解释一致。

然而,这种储存系统只允许我构建线性分子。

如何创建碳环,以便在SMILES中将其解释为只有一个碳原子环,没有氢原子?

例如C1CCCCC1给出http://www.chemicalize.org/structure/#!mol=C1CCCCC1&source=calculate如何在没有12氢的情况下在环中产生6个碳原子?

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