我目前正在建立一个基于Gillespie's algorithm
的玩具化学模型。从{H,O,N,C}
的食物集开始,我让我的系统进化,我一直将我的分子存储为SMILES格式的字符串。
例如:
[O] reacts with [H] --> [O] ([H])
[O] ([H]) reacts with [H] --> [O] ([H]) ([H])
使用方括号我已经能够使我的系统中的分子与SMILES解释一致。
然而,这种储存系统只允许我构建线性分子。
如何创建碳环,以便在SMILES中将其解释为只有一个碳原子环,没有氢原子?
例如C1CCCCC1给出http://www.chemicalize.org/structure/#!mol=C1CCCCC1&source=calculate如何在没有12氢的情况下在环中产生6个碳原子?