BOWTIE将测试读数映射到参考基因组。
基本上它是一个字符串比较。
参考字符串可以是由A C T＆amp; A组合制成的百万个碱基对。 G，测试也读，
现在将测试读数称为匹配，变异，SPM不匹配，雪茄等的标准是什么
我在一个观点中思考，如果我必须用我喜欢的语言在BOWTIE上写下我必须遵循的测试阅读，参考基因组比较规则。
答案 0 :(得分：0)
Bowtie有两种主要的对齐模式：-v mode和-n mode。 -v模式并不关心质量分数，而是关心播种区域。 Bowtie要求您指定允许的最大不匹配数以及每个读取可以映射到的最大位置数。 Bowtie2考虑差距。 顺便说一句，这些读物不仅含有ACGT，还含有N.