从python传递变量到bowtie

Question

我想将存储在变量中的输入fasta文件传递给python中的inp_a，然后将输出写入另一个out_a。我想用 os.system（＆＃39; bowtie [options] inp_a out_a＆＃39;） 你能帮帮我吗

Answer 1

据我所知，你的问题要求两件事：将数据写入磁盘，并从Python中调用外部程序。没有更详细的要求，这就是我要写的内容：

import subprocess

data_for_bowtie = "some genome data, lol"

with open("input.fasta", "wb") as input_file:
    input_file.write(data_for_bowtie)

subprocess.call(["bowtie", "input.fasta", "output.something"])

我假设有一些很好的细节。我假设您的意思是bowtie，读取对齐器。我假设您的文件是二进制的，非人类可读的（这就是为什么b的第二个参数中open）和I＆＃39;关于如何在命令行上调用bowtie做出毫无根据的假设，因为我没有足够的动力去花时间学习它。

希望，这提供了一个起点。祝你好运！