使用间隙罚函数的全局对齐

Question

任何人都可以帮我解决以下问题吗？！

对于参数k，计算两个字符串之间的全局对齐，取决于 约束条件最多包含k个间隙（连续indel的块）。

Answer 1

您应该能够将此作为标准动态编程方法的扩展来处理序列比对。皱纹是现在有多种方式可以在矩阵中的给定单元格中进行，因为您可以使用不同的间隙来实现这一点。因此，您需要跟踪每个单元格中可能具有的最佳分数，因为您使用了一定数量的间隙来实现目标。

你可以通过使用与实现仿射惩罚时跟踪间隙长度相同的直觉来实现这一点：通过跟踪k + 1矩阵。动态编程算法从第0个矩阵开始。此矩阵将代表您可以在网格中的任何位置获得的最佳分数，而不会插入任何间隙。如果从矩阵0中选择“在x中添加间隙”或“在y中添加间隙”，则会在矩阵1中记录结果分数。如果从矩阵1添加间隙，则转到矩阵2，依此类推。如果您在矩阵k中，则不能选择添加间隙。追溯的起点将是得分最高的右下角。