Needleman Wunsch与仿射差距罚款

Question

有人能提供一个例子，其中仿射空位罚分最终会产生不同的结果，而不是在具有固定空位罚分的两个序列上运行NW吗？

Answer 1

Affine Gap Penalty Model:

AAAGAATTCA
|||    |||
AAA----TCA

注意：要获得最佳的全局对齐，您需要更改＆＃34; End Gap Penalty＆＃34;步骤2 - 设置成对对齐选项＆＃34;

Fixed Gap Penalty Model:

AAAGAATTCA
|||   | ||
AAA---T-CA