Question

我正在使用R中的肌肉包对齐多个序列，并且想知道当不包含参数“ gapopen”时算法正在应用的空位罚分（如果有的话）

c <- muscle::muscle(chroma)

对齐看起来不错，但是我想知道如何严格/轻松地插入间隙

Answer 1

肌肉软件包的文档公认不错，但至少它使我们参考了肌肉软件的在线文档。在那里，我们找到了有关gapopen（和其他）参数的默认值的脚注：

默认值取决于配置文件评分功能。要确定默认值，请使用–verbose –log并检查日志文件。

因此，要确定给定评分函数的默认值，请重新运行该函数并传递verbose = TRUE, log = TRUE，然后检查日志文件输出。