应用错误收集

Bowtie是高帽所需的程序。我需要这个程序来映射几百个读数与参考基因组。 Bowtie做映射部分，这需要很多CPU。在bowtie手册中有一个选项来执行多线程，但需要安装库PThread。

我从this website下载了PThread。将此解压缩到我的程序文件夹，打开一个shell并站在这个目录中。当输入'make'命令时，我收到此错误，我不知道如何解决这个问题。

if / bin / sh ./libtool --tag = CXX --mode = compile g ++ -DHAVE_CONFIG_H -I。 -一世。 -一世。 -Wall -g -O2 -MT PThreadRun.lo -MD -MP -MF“.deps / PThreadRun.Tpo”-c -o PThreadRun.lo PThreadRun.cpp; \

然后mv -f“.deps / PThreadRun.Tpo”“。deps / PThreadRun.Plo”;否则rm -f“.deps / PThreadRun.Tpo”; 1号出口;网络

g ++ -DHAVE_CONFIG_H -I。 -一世。 -一世。 -Wall -g -O2 -MT PThreadRun.lo -MD -MP -MF .deps / PThreadRun.Tpo -c PThreadRun.cpp -fPIC -DPIC -o .libs / PThreadRun.o   PThreadRun.cpp：在成员函数'pthread_t PThreadRun :: start（）'中：

PThreadRun.cpp:28:38：错误：'redirectPthreadRun'未在此范围内声明

make： * [PThreadRun.lo]错误1

make：离开目录`/ install_dir'

make： * [all-recursive]错误1

make：离开目录`/ install_dir'

make： * [all]错误2

任何人都知道如何解决这个问题？

您需要先运行configure。根据安装说明：

这些是通用安装说明。

configure' shell script attempts to guess correct values for various system-dependent variables used during compilation. It uses those values to create a Makefile＆＃39;在包的每个目录中。   它还可能会创建一个或多个.h' files containing system-dependent definitions. Finally, it creates a shell script config.status＆＃39;那   您可以在将来运行以重新创建当前配置，并且a   文件config.log' containing compiler output (useful mainly for debugging配置＆＃39;）。

它还可以使用可选文件（通常称为config.cache' and enabled with - cache-file = config.cache＆＃39;或简称为“-C＆＃39;”）   保存测试结果以加快重新配置。（缓存是   默认情况下禁用以防止意外使用陈旧问题   缓存文件。）

如果您需要做一些不寻常的事情来编译包，请尝试   弄明白configure' could check whether to do them, and mail diffs or instructions to the address given in the README＆＃39;所以他们可以   考虑下一个版本。如果您正在使用缓存，和   在某些时候`config.cache＆＃39;包含您不想保留的结果，   你可以删除或编辑它。

文件configure.ac' (or configure.in＆＃39;）用于创建   configure' by a program called的autoconf＆＃39 ;.你只需要   configure.ac' if you want to change it or regenerate配置＆＃39;   使用更新版本的`autoconf＆＃39;。

编译此包的最简单方法是：



cd' to the directory containing the package's source code and type ./配置＆＃39;配置系统的程序包。如果你是    使用csh' on an old version of System V, you might need to type sh ./configure'相反，以阻止csh' from trying to execute配置＆＃39;本身。

运行`configure＆＃39;需要一段时间。在跑步时，会打印一些    消息告诉它正在检查哪些功能。



输入`make＆＃39;编译包。



可选择输入`make check＆＃39;进行任何随附的自我测试    包裹。



输入`make install＆＃39;安装程序和任何数据文件和    文档。



您可以从中删除程序二进制文件和目标文件    通过键入make clean'. To also remove the files that configure＆＃39;来源代码目录创建（所以你可以编译包    一种不同类型的计算机），键入make distclean'. There is also a使维护者清理＆＃39;目标，但主要是为了    对于包的开发人员。如果你使用它，你可能必须得到    各种其他程序，以重新生成来的文件    随着发行。

在linux上安装PThread以获得高级主题

1 个答案: