配置TopHat时出错

时间:2013-10-23 15:45:26

标签: c++ linux gcc boost

我正在尝试分析RNA-seq实验产生的数据。我试图使用TopHat将RNA-Seq读数与基因组对齐。但是,我在安装TopHat时遇到了困难! 首先,我已经下载了以下软件包: 高顶礼帽-2.1.0.tar.gz samtools-0.1.19.tar.bz2 boost_1_54_0.zip

我已经解压缩了所有包裹。 对于samtools: 我已经复制了samtools-0.1.19 / install / include / bam中的所有C-header文件 然后我复制了samtools-0.1.19 / install / lib

中的libbam.a文件

提升: 我使用了以下命令 $。/ bootstrap.sh $。/ b2 install --prefix = PREFIX

对于TopHat: 我使用了命令行: $。/ configure --prefix = / path / to / tophat-2.1.0 --with-boost = / path / to / boost_1_54_0 / PREFIX --with-bam = / path / to / samtools-0.1.19 / install

但我收到一条错误消息。错误的最后几行如下:

检查boostlib> = 1.38.0 ...是的 检查bamlib ...是的 检查构建系统类型... x86_64-unknown-linux-gnu 检查Boost :: Thread库是否可用...是的 在-lboost_thread中检查退出...没有 检查-lboost_thread中的退出...(缓存)否 检查-lboost_thread中的退出...(缓存)否 检查-llibboost_thread.a中的退出...没有 configure:error:无法链接libboost_thread.a!

现在我的问题是我收到错误消息的原因以及可以采取哪些措施来解决这个问题。我在x86_64 Ubuntu系统中都尝试过相同的功能,但是一直都有同样的错误!

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