Question

我正在使用tophat命令进行一个转录组装配。在一个文件夹中，我在GTF的同一个文件夹中有我的参考基因组，我有我的领结索引文件。在其他文件夹中，我有两个我的转录组分割的fasta文件。我把命令tophat但看起来无法找到bowtie索引文件。我正在使用tophat 1.41，并且六个bowtie文件位于.ebwt。

我正在输入下一个命令

tophat -o myfolder --mate-inner-dist 50 --mate-std-dev 20 -p 5 
/file/file1/myfolder/myfolder2/referencegenome.gtf /file/file1/myfolder/myfolder2 
/file/file1/myfolder/transcriptome_1.fastq /file/file1/myfolder/transcriptome_1.fastq

在我的folder2中，我有我的ebwt文件。我用bowtie build命令创建了它们，我从.gff中的JGI下载了我的参考基因组，后来转换为.gtf。

关于我做错了什么的任何建议？ tophat命令无法找到这些文件，即使它们位于myfolder2。

Answer 1

一些评论 1.Tophat将您的fastq读数映射到参考基因组或转录组。不是集会。

如果您有参考基因组，例如referencegenome.fa，那么您需要使用bowtie建立一个索引。在这种情况下，建议使用与基因组fasta文件相同的前缀命名该索引，即referencegenome。

然后，您将在同一目录中看到referencegenome.ebwt文件以及您的referencegenome.fa和referencegenome.gtf文件

但是使用TopHat，您需要通过将其称为引用基因组来调用引用和索引的基因组（仅使用索引文件的前缀。不需要添加gtf，ebwt或fa结尾）。

您是通过调用gtf文件来完成的，因此找不到索引文件。参考基因组都没有，所以TopHat无法为你建立索引

我还建议您访问seqanwers.com和biostars.org，两个专门讨论NGS的专业论坛格雷戈尔是对的。这与R

我无法运行我的tophat功能

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