Tophat序列比对器无法正常运作

时间：2018-11-22 22:51:13

标签： alignment rna-seq

我正在尝试使用礼帽将我的fastq读数与参考基因组对齐。

我首先使用领结创建索引文件。我已经修剪了我的read1和read2 fastq文件。领结索引和读取文件的所有输出文件都在同一目录中。在这里，您可以看到我的目录的屏幕截图。

enter image description here

然后我正在运行以下命令来运行tophat。

enter image description here  我不知道我在做什么错，因为我的命令运行了，但是将近45分钟后它停止了（在下一步）。 enter image description here 

tophat输出目录（sample_thout）已创建，但仅包含以下文件。 enter image description here

 在日志中，我可以看到以下内容：

enter image description here



在tmp内，我可以看到以下文件： enter image description here

我对RNa序列和礼帽对齐非常陌生。是否有任何机构可以帮助我解决所遇到的问题？

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