Question

这是我第一次与R.合作。

我有一个有3列和12090行（156个细菌）的表。前两列是细菌的名称，最后一列是表示生物之间相关性的数字（基于一种基因组相似性）。例子是（编号）：

bacteria1    bacteria2    0.25846
bacteria1    bacteria3    0.35986
bacteria2    bacteria1    0.57896
bacteria2    bacteria3    0.54596
bacteria3    bacteria1    0.23659
bacteria3    bacteria2    0.36528

我希望能够将邻居加入到各种各样的系统发育树中。我看到了＆＃39; nj＆＃39;需要一个距离矩阵才能做到这一点。如何将其转换为距离矩阵或可用格式？（数字已经是距离所以不应该做任何数学运算）我尝试过as.dist（）和as.matrix（）和reshape（），但是新的我可能做错了什么。（重塑可能是我需要的......）

或者，如果有人知道如何通过其他方式将这些变成一棵树。

感谢您的帮助。

Answer 1

使用库reshape2（与基础R中的重塑功能不同，我认为很多

# Load the library (after installing it, of course)
library(reshape2)

# Load up your data - for future reference, it's always helpful to post your data
# with a question.  I used dput(x) to generate this structure below:
x <- structure(list(V1 = structure(c(1L, 1L, 2L, 2L, 3L, 3L), 
     .Label = c("bacteria1", "bacteria2", "bacteria3"),
     class = "factor"), V2 = structure(c(2L, 3L, 1L, 3L, 1L, 2L),
     .Label = c("bacteria1", "bacteria2", "bacteria3"), class = "factor"),
     V3 = c(0.25846, 0.35986, 0.57896, 0.54596, 0.23659, 0.36528)),
     .Names = c("V1", "V2", "V3"), class = "data.frame",
     row.names = c(NA, -6L))

# Recast it - acast returns a matrix with V1 as the records, V2 as the columns,
# and V3 as the values
distmat <- acast(x, V1 ~ V2, value.var = "V3")

Answer 2

听起来你有距离矩阵的上三角或下三角部分，但没有尺寸。（虽然你确定你有156行吗？如果有18种细菌，那么应该有choose(18,2) = 153个条目，而不是156个。）

假设你的表中确实有153行，你可以这样填写矩阵：

m <- matrix(nrow=18, ncol=18)
m[row(m) < col(m)] <- x         # if it's the upper triangular portion

或

m[row(m) > col(m)] <- x         # if it's the lower triangular portion

然后diag(m) <- 0为对角线。

来自已计算数据的R距离矩阵格式

2 个答案: