Question

如何保存MDS对象以便在我的下一个R会话中使用？因为metaMDS（）函数使用几次随机重启，所以每次都会产生稍微不同的答案。我需要输出在R的几个会话中保持一致。我怎样才能实现这一点？谢谢

我所指的受戒对象类型示例：

data(dune)
sol <- metaMDS(dune)
sol

Answer 1

@csgillespie已经展示了如何使metaMDS()的结果可重复。伪随机数生成器种子的此设置应始终使用metaMDS()或在R或其他软件中使用伪随机数生成器的任何其他函数，否则您将无法重现结果

但是，某些metaMDS()拟合会占用大量计算时间，因此将结果对象序列化为磁盘是一种选择。为此，您需要save()或saveRDS()。两者之间的区别在于前者（save()）保存整个对象，包括其名称。 saveRDS()仅序列化对象本身，而不是当前会话中对象的名称。

load()可用于恢复save()保存的对象。它将对象加载到当前会话中，并将覆盖具有相同名称的对象。 readRDS()用于加载由saveRDS()序列化的对象。

require("vegan")
## The recommended way of running NMDS (Minchin 1987)
##
data(dune)
## Global NMDS using monoMDS
## set the seed
set.seed(1)
sol <- metaMDS(dune)

save(sol, file = "my_sol.rda")
ls()
rm(sol)
load("my_sol.rda")
ls()

saveRDS(sol, file = "my_sol.rds")
ls()
sol2 <- readRDS("my_sol.rds")
ls()
all.equal(sol, sol2)

一些相关的输出是：

>     save(sol, file = "my_sol.rda")
>     ls()
[1] "dune" "sol" 
>     rm(sol)
>     load("my_sol.rda")
>     ls()
[1] "dune" "sol" 
> 
>     saveRDS(sol, file = "my_sol.rds")
>     ls()
[1] "dune" "sol" 
>     sol2 <- readRDS("my_sol.rds")
>     ls()
[1] "dune" "sol"  "sol2"
>     all.equal(sol, sol2)
[1] TRUE

Answer 2

如果要使用相同的随机数，则需要设置随机数种子。例如，

##For some positive number
R> set.seed(1)
R> runif(1)
[1] 0.2655
R> set.seed(1)
R> runif(1)
[1] 0.2655

在您的示例中，只需在函数调用之前使用set.seed。

在r的素食主义者中保存圣职任命对象

2 个答案: