Question

我有一些使用igraph库的c代码。我想在它周围放一个R包装器并将其作为R包发送给CRAN。

igraph已经在CRAN上有一个R端口，所以它对我的R包“foo＆＃39;依赖于R的igraph。由于foo使用自己的C代码依赖于C igraph，我如何将我的C函数链接到原始的igraph库？我已经读到这是在一个名为Makevars的文件中完成的，但链接到外部库是非常毛茸茸的。

如果这不可能，那么复制整个igraph源代码并将整个内容放入我的/ src目录是否更好？ R igraph包已经有一个名为Makevars的文件，但我不明白所有c文件是如何构建的 - 通常在我的Makefile中我有类似gcc（一些.c源文件列表）-o，但是Makevar仅包含

PKG_CFLAGS=-DUSING_R -I. -Ics -Iglpk -Iglpk/amd -Iglpk/colamd \
-g -O2 -I/usr/include/libxml2 -g -O2 -I/usr/include/libxml2 -DNDEBUG \
-DPACKAGE_VERSION=\"0.6\" -DINTERNAL_ARPACK \
-DIGRAPH_THREAD_LOCAL=/**/
PKG_CXXFLAGS= -DUSING_R -DIGRAPH_THREAD_LOCAL=/**/ -DNDEBUG
PKG_LIBS=-lxml2 -lz -lpthread -licucore -lm -lgmp  $(FLIBS) $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS)

all: $(SHLIB)

并且没有其他Makefile。总之，如何将C代码放入依赖于另一个C库的R包中，如何编写相应的Makevars（或Makefile）来合并C函数？

发布了一个较旧的问题here，但似乎只是链接到帮助您编写自己的C代码而不依赖于任何内容。

Answer 1

这里有几个问题：

包'foo'可以可靠地链接到包'bar'吗？ “编写R扩展”，在第5.8节开头的“链接到其他软件包”中说“不，不是一般”，正如Gabor在他之前的评论中暗示的那样。
可以将C源代码放入一个包中构建一个依赖于另一个库的包：是的，当然，CRAN上的很多包都可以。选择例如根据GSL，JPEG / TIFF图形库或XML或...的包的示例。您可以研究这些来源。这不是一件容易的事，但是如果你研究这些软件包，写下R扩展中的文档以及相关问题的其他答案就可以到达那里。

Answer 2

我对“编写R扩展”略有不同。第5.8.1节（处理类似unix的操作系统）的第1段说它可能但不可移植或建议链接到共享库。第2段说静态库是可以的（段落开头的'This'令人困惑;它指的是什么？）因为packB提供的静态库可以在packB发现时安装，然后合并到动态库中。这要求packA提供一个静态库，因此packA意识到它的作用就是这样做;许多软件包会将其角色视为为其包装的库的功能子集提供R接口，并提供链接到其自己包中的共享库的共享对象。

一个例子是Bioconductor中的Rsamtools包，它创建了samtools库的静态版本，并为想要访问静态库的包提供了一个（棘手的，正确的）机制（{{3提供事物的依赖包视图。提供静态库PKG_LIBS="-l$(PKGB_PATH)/libpackB.a"的绝对路径非常重要，以避免静态链接到系统提供的同一个库（使用packA提供的头文件）。

@DirkEddelbuettel几乎肯定会自己走这条路，并指出我的错误。我同意下面的评论，使用静态库是次优的（主要是从内存消耗的角度来看？），但要做出选择以避免5.8.1中提到的可移植性原因。

R包链接到外部C库

2 个答案: