如何在R中保存分层pdf（通过Sweave？）

Question

我搜索过SO，谷歌搜索，阅读?pdf，然后干嘛可以将图表保存为pdf图层，这些图层可以在pdf查看器边距中打开和关闭。我正在讨论的一个例子是USGS quad topo-maps，它可以作为pdf下载，有多个层，例如this（zipped pdf）。

pdf（）帮助文件中的以下句子听起来不祥，但我也想检查一下我是不是误解了它：

 The R graphics model does not distinguish graphics objects at the level 
 of the driver interface.

我以前能够在Illustrator中保存分层pdf，但不再使用此程序。也许有人可以想到R内部的解决方法？我用来映射的数据很大，但这是一个玩具示例：

pdf("2objects.pdf")
plot(NULL, type = "n",xlim = c(0,1),ylim = c(0,1))
rect(0,.7,.7,0,border = "blue",lwd=2)
rect(.3,1,1,.3,border = "red",lty=2,lwd=2)
dev.off()

看起来像这样（这是一个png，但上面会给出一个pdf）  

我希望能够将红色和蓝色框作为具有可见性的图层，可以在pdf查看器中打开和关闭。

非常感谢！

编辑：找到thread in R-help（re：@mnel），看起来不可能。我仍然会打开这个问题，万一有人提出了一个漂亮的R-tastic解决方法。

编辑（2012年9月5日）：我尝试通过Sweave进行此操作，并使用发布的here变通方法取得了部分成功。此方法生成带有“图层”的单个pdf，可以使用图像下方的超链接文本打开和关闭这些图层。它使用'动画'技巧来实现。虽然它仍然不是我最终的期望结果，但它的优势在于不依赖于特定的pdf观众。我还是会等着看是否有人发布了一个方法来做一个层，即Sweave文档中的OCG，然后我可以自动化。

编辑（2012年9月13日）：我使用上面提到的代码发布了答案。我能够让它在更复杂的现实世界中工作，而不会改变代码，在美国内部覆盖不同的行政和统计边界。在这种情况下，我只是命名了不同的地图叠加层layer-0.pdf，layer-1.pdf等，它的工作没有错误。我仍然希望最终会有更好的东西弹出来。

感谢大家的评论

Answer 1

我可以通过ggplot实现这一目标。

library(ggplot2)
df <- data.frame(x = c(1,10), y = c(20,40), class = 1:2)
layered_plot <- ggplot(df, aes(xmin = x, xmax = x + 1, ymin = y, ymax = y + 2, fill = class)) +
geom_rect() + 
opts(legend.position = "none") 
# Now save this as pdf
ggsave(layered_plot, file="p1.pdf")

（这只是png版本的插图，但是当我在Illustrator中打开pdf时，我可以根据需要关闭各个图层。

Answer 2

看起来（tex）animation答案是我现在能想到的最好的答案。以下.Rnw文件将创建一个pdf，中间有一个图形，下面有2个文本超链接，可以独立切换红色和蓝色框的可见性。我找到了使这项工作的Tex代码here。我还没有看过@Aaron的ocgtools建议，但会到达那里。谢谢大家的建议！

\documentclass{article}
%----------------------------------------------------------------%\
\usepackage[OT1]{fontenc}
\usepackage{Sweave}
\usepackage{animate}
\usepackage{hyperref}
\usepackage[margin=0.4in]{geometry}
%----------------------------------------------------------------%

\makeatletter
% command to create a toggle link
\newcommand{\ShowHideLayer}[3]{%
  % #1: anim No. (zero-based),
  % #2: layer No. (zero-based),
  % #3: link text
  \leavevmode%
  \pdfstartlink user {
    /Subtype /Link
    /Border [\@pdfborder]%
    /A <<
      /S/JavaScript
      /JS (
        \if at anim@useocg%
          if(a#1.fr[#2].state==true){
            a#1.fr[#2].state=false;
          }else{
            a#1.fr[#2].state=true;
          }
        \else
          if (a#1.fr[#2].display==display.visible){
            a#1.fr[#2].display=display.hidden;
          }else{
            a#1.fr[#2].display=display.visible;
          }
          this.dirty=false;
        \fi
      )
    >>
  }#3%
  \pdfendlink%
}

% command to create a link to show/hide all layers
\newcommand{\ShowHideAll}[2]{%
  % #1: anim No. (zero-based),
  % #2: link text
  \leavevmode%
  \pdfstartlink user {
    /Subtype /Link
    /Border [\@pdfborder]%
    /A <<
      /S/JavaScript
      /JS (
        var countvisible=0;
        for(var i in a#1.fr){
          \if at anim@useocg
            if(a#1.fr[i].state==true){countvisible++;}
          \else
            if (a#1.fr[i].display==display.visible){countvisible++;}
          \fi
        }
        if(countvisible){
          for(var i in a#1.fr){
            \if at anim@useocg
              a#1.fr[i].state=false;
            \else
              a#1.fr[i].display=display.hidden;
              this.dirty=false;
            \fi
          }
        }
        else{
          for(var i in a#1.fr){
            \if at anim@useocg
              a#1.fr[i].state=true;
            \else
              a#1.fr[i].display=display.visible;
              this.dirty=false;
            \fi
          }
        }
      )
    >>
  }#2%
  \pdfendlink%
}
\makeatother

\begin{document}

% heres the R-making of the plots, saved to working directory,
% which should be the folder containing this .Rnw file
% 3 versions of the same plot, one for each layer
<<echo = FALSE, hide = TRUE>>=
pdf("layer-0.pdf")
plot(NULL, type = "n", xlim = c(0, 1), ylim = c(0, 1), xlab = "", ylab = "")
dev.off()

pdf("layer-1.pdf")
plot(NULL, type = "n", xlim = c(0, 1), ylim = c(0, 1), axes = FALSE, xlab = "", ylab = "")
rect(0, .7, .7, 0, border = "blue", lwd = 2)
dev.off()

pdf("layer-2.pdf")
plot(NULL, type = "n", xlim = c(0, 1), ylim = c(0, 1), axes = FALSE, xlab = "", ylab = "")
rect(.3, 1, 1, .3, border = "red", lty = 2, lwd = 2)
dev.off()
@

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
\begin{center}
  %animated layer-set No. 0
  %                                          v-- frame rate ignored
  \animategraphics[width=1\linewidth,step]{1}{layer-}{0}{2}

  \ShowHideLayer{0}{1}{toggle red box}\\
  \ShowHideLayer{0}{2}{toggle blue box}\\
\end{center}
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
\end{document}