Question

我一直在使用makefile自动运行Sweave，用于我在R中的分析报告，使用Jeromy Anglim概述的方法取得了巨大的成功。我最近听说过cacheSweave包，我想将该功能合并到我的Rnw文件中。我使用ProjectTemplate包在启动时加载所有必需的文件，这需要一些时间，因为我必须预处理原始数据文件。 cacheSweave插图中的示例显示如何在R会话中使用cacheSweave驱动程序运行Sweave：

library(cacheSweave)
Sweave("foo.Rnw", driver = cacheSweaveDriver)

如何在命令中使用cacheSweaveDriver以批处理模式运行Sweave？在我的makefile中，这是我调用Sweave的方式：

$(TEXFILE).tex: $(TEXFILE).Rnw
        R CMD SWeave $(TEXFILE).Rnw
        R CMD Stangle $(TEXFILE).Rnw

我正在使用Emacs + ESS创建.Rnw文件并运行make。这是我的makefile的其余部分供参考：

TEXFILE=report_presentation
PLOTDIR= ../graphs
PLOTS=
FIGURES= $(PLOTDIR)/$(PLOTS)
INPUTS=

all: $(TEXFILE).pdf; make clean

.PHONY: all clean

 $(TEXFILE).pdf: $(TEXFILE).tex $(FIGURES) $(INPUTS)
# Initial run
pdflatex $(TEXFILE)

# Run bibtex if missing citations
@if(grep "Citation" $(TEXFILE).log > /dev/null);\
then \
    bibtex $(TEXFILE);\
    pdflatex $(TEXFILE); \
fi

# Recompile if instructed
@if(grep "Rerun" $(TEXFILE).log > /dev/null);\
then \
    pdflatex $(TEXFILE); \
fi

    $(TEXFILE).tex: $(TEXFILE).Rnw
        R CMD Sweave $(TEXFILE).Rnw
        R CMD Stangle $(TEXFILE).Rnw

    ## Remove unnecessary files
    clean:
       -rm -f $(TEXFILE).log $(TEXFILE).aux $(TEXFILE).out $(TEXFILE).blg $(TEXFILE).bbl $(TEXFILE).nav $(TEXFILE).snm $(TEXFILE).toc Rplots.pdf

Answer 1

Gregor Gorjanc有一个shell脚本允许这样做：

http://ggorjan.blogspot.com/2008/11/sweavesh-plays-with-cachesweave.html

它比我自制的解决方案更优雅：这是一个名为“runcachesweave.R”的简单文件，包含：

library(cacheSweave)
Sweave("foo.Rnw", driver = cacheSweaveDriver)

然后调用R CMD BATCH runcachesweave.R; latexmk -pdf foo.tex

如何通过make在批量Sweave调用中使用cacheSweave？

1 个答案: