我是可重复研究的忠实粉丝。
我经常使用make，Sweave，LaTeX和R来生成大型研究报告（即大量Sexpr()命令和大量图表和表格。）
显然，R CMD Sweave在编译时识别R代码块中的某些错误。
但是生成的PDF仍然可能包含不良结果。
我有一些校对这些文件的策略，但我有兴趣在SO上向其他人学习。
答案 0 :(得分：4)
我不确定这是否是您正在寻找的，但如果您使用emacs，auctex和emacs说统计数据，大多数问题都可以解决。它们都在Linux存储库中可用，并且有一个可用于Windows的预编译二进制文件http://vgoulet.act.ulaval.ca/en/emacs/windows/
Emacs的主要优点是你可以将R控制台放在一个窗口中，将你的tex源放在另一个窗口中，Emacs将在.Rnw文件中适当地突出显示LaTeX和R，这真的帮助我发现了错误。您还可以评估R代码的小区域，并在TeX中预览表格和其他对象。它绝对是一个学习曲线，但我已经使用了大约一个月，它已经让我在可重复的研究中提高了约50％的效率。一旦你知道了一些键绑定就很直观，而另一个优点是Emacs几乎可以为太阳下的每个编程语言提供模式，这意味着学习如何使用它的时间将会一次又一次地回报。 进一步来说 1）Emacs在这里帮助语法高亮和预览区域，以确保特定的表格按您的方式格式化，没有丢失的行或标签。 2）我通常最终会犯拼写错误并打包丢失错误，因为我倾向于在文档的多次传递中开发我的统计分析。 3）Emacs将发现任何编译错误，并且可以在编译整个文档之前单独测试R代码。 4）如果你使用命令sweave（Alt + m，s），然后编译到LateX ctrl c，（通常两次获得标签和Bibtex右）另一个ctrl c将打开PDF进行查看（遗憾的是，它没有打开默认情况下在emacs中，但我想有人已经做了一个包或脚本来启用它。）
我确信其他人可以提供更多关于emacs用于此类工作的例子，正如我所说，我刚刚开始使用它（但它比我用过的所有其他tex和R程序要好得多 - Technix中心，kile，texmaker）。
我不建议那些不了解R和LaTeX的人，但如果你这样做，它会使你的效率提高几个数量级。
答案 1 :(得分：3)
好问题。一个人看到的问题在很大程度上取决于他正在做的工作。对我来说，最常见的非R问题是拼写错误，数字出了问题，有错误的等式，等等。
我发现最可靠，独立于平台且高效的错误捕获策略是经常导出到PDF 。工作一点点;校验。多做一点，再检查一下。是的，这对于一个大型项目来说很糟糕。但是像cacheSweave这样的工具可以提供帮助。最重要的是 - 如果你在整个地方工作2个小时并得到一个错误，试图追踪它就没那么有趣。
对于一个大型项目，当我在块287（或其他东西）中出现错误时，需要花一点时间来纠结R代码。从上下文中我通常可以找出错误的位置并快速导航到那里。另一个选择是命名代码块，但谁想要提出591个名字？
对于方程/数学问题，具有内联预览的编辑器很有帮助。 LyX有这个，AUCTeX也是如此。这样，如果你错过某个地方的斜线或逗号，那么你就会立刻知道，因为预览很混乱。这为我节省了无数个小时。
LyX不存在图像的内联预览（由Sweave生成），但它适用于Org模式。出于同样的原因，这是非常非常强大的优势。
我最近没有任何其他LaTeX错误，因为LyX是所见即所得;它会在没有我的情况下生成LaTeX。在这方面，组织模式也很好。 AUCTeX和ESS有工具可以提供帮助，并且没问题（Rstudio看起来很相似）。我还没有和Eclipse等人一起玩过。非常。
如果不研究日志，如页面上运行的URL（或表格等），很难注意到一些问题。 PDF频繁。工作和检查。这是最好的方式，除非另一组眼睛进行同行评审。
顺便说一下，LyX用aspell拼写检查非LaTeX标记。
答案 2 :(得分：1)
当你的意思是“校对”时，我不确定你究竟在寻找什么，但我发现在LaTeX中一般使用大量\marginpar语句来指出未来修复的任何问题都能很好地解决。另一种方法是使用一个好的PDF阅读器将注释放在最终的PDF中，但如果你重新编译它们就会消失。
对于我们这些使用Emacs而非永久性手部麻烦的人（不是开玩笑！），Sweave的基于GUI的选项是Eclipse。它可以设置为一键编译Sweave，正确的代码突出显示，并具有通常的IDE功能。 Eclipse还通过包提供拼写检查，这有助于校对。不确定你是否可以将拼写检查器设置为仅对LaTeX部分进行校样，这将是理想的。
RStudio也是一个新的但有趣的选择。