Question

我遇到了biomaRt包的问题，当时我正在寻找entyytrix for affymetrix hgu133a探针组ID。例如，biomaRt找不到“206323_x_at” 当我在affy_hg_u133a列表中列出所有探针ID时，只有19872个探针ID，但是在HGU133a上有22245个探针（或22313个具有对照探针）。脚本有问题或者这个数据库不完整吗？

谢谢！

library(biomaRt)  
mart<-useMart("ensembl", dataset="hsapiens_gene_ensembl")  
affyids="206323_x_at"  
getBM(attributes=c('affy_hg_u133a', 'entrezgene'), filters = 'affy_hg_u133a', values = affyids, mart = mart)  
[1] affy_hg_u133a entrezgene   
<0 rows> (or 0-length row.names)

hgu133a<-getBM(attributes='affy_hg_u133a', mart = mart)
dim(hgu133a)
[1] 19872     1

Answer 1

它似乎不适用于此探针集。我们可以用

获得答案

library(hgu133a.db)
myprobeset  = "206323_x_at"
genes <- mget(myprobeset,hgu133aENTREZID)

我们可以测试另一个探针集

affyids = c("218471_s_at")
getBM(attributes = c("affy_hg_u133a", "entrezgene"), filters =  "affy_hg_u133a",values = affyids, mart = ensembl)

myprobeset  = "218471_s_at"
genes <- mget(myprobeset,hgu133aENTREZID)

所以这似乎是两种不同数据来源给出不同答案的情况。这种情况时不时发生。

Answer 2

probemapper包也可用于此特定需求。它在R中可用，并且还有一个在线界面。

以下是您特定基因的结果： qbrc.swmed.edu/probealignment/#probe=1005849

解释：供应商和Bioconductor同意您的探针与Entrez ID 4983对齐，但BLAST显示了一些其他可能的对齐（如果您只关心供应商的注释，可能会忽略它）。

R：biomaRt包缺少探针ID？

2 个答案: