Question

我正在尝试安装Biomart软件包，并且使用了以下代码：

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
    biocLite("biomaRt")
    library("biomaRt")

，我收到以下警告消息：

Warning messages:
1: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :
  installation of package ‘curl’ had non-zero exit status
2: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :
  installation of package ‘openssl’ had non-zero exit status
3: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :
  installation of package ‘XML’ had non-zero exit status
4: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :
  installation of package ‘RCurl’ had non-zero exit status
5: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :
  installation of package ‘httr’ had non-zero exit status
6: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :
  installation of package ‘biomaRt’ had non-zero exit status

有人需要帮助吗？谢谢。

Answer 1

这里的问题是R需要编译其他R包：curl，openssl，XML，RCurl。为此，需要在Linux平台上安装一些开发库。

您通常可以猜测它们的名称：如果R包“ XXX”有问题，则需要apt-cache search来购买类似libXXX-dev的东西。该名称通常也包含一个数字。因此，您可以尝试例如从命令行进行：

sudo apt-get update
apt-cache search libcurl | grep dev

搜索libcurl开发包。

然后您可以安装它们，例如：

sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev

至少，我认为您需要以下内容：

sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev
sudo apt-get install libxml2-dev

然后再次尝试安装R软件包。注意所有错误消息，必要时安装更多库，然后重复进行直到其起作用。

使用适当的术语进行网络搜索应找到有关安装所需系统依赖性的更多信息。

为Linux安装biomaRt软件包（R版本3.5.2）（对于Windows为Ubuntu）

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