混合模型的Lme4语法

Question

我有$ m = 4 $组的小鼠（即group1，group2，group3，group4）。每组有不同数量的老鼠。我在$ l = 4 $不同状态（即state1，state2，state3，state4）的每个小组的每只小鼠上测量一个参数$（y）$。我想构建一个混合效应模型来分析组，状态和组*状态的影响，允许每个鼠标内和每组内的变化。$ group_ {m} $内的小鼠标有id（1 ，2,3 ......，$ group_ {m} $）的小鼠数量

$$ y_ {mln} = \ mu + group_ {m} + state_ {l} +（group * state） {ml} + b {ml} + \ varepsilon_ {mln} $$ 使用$ b_ {ml} $ $ group_ {m} $

中第n个鼠标的随机效果

我的数据框有以下变量

value (num)
state (factor: 4 levels)
group (factor: 4 levels)
id (within group) (num)

相应的语法是否正确？

lmer(value~group+state+group*state+(1|group))

Answer 1

你想要这个

mouseID <- interaction(group, ID)
lmer(value ~ group * state + (1|mouseID))

每只鼠标的mouseID必须是唯一的。

由于组是一个因素，因此您无法在固定和随机部分使用它。这将导致一个无法辨认的模型。

Answer 2

我认为您正在寻找的是

lmer(value ~ group*state + (1|group) + (1|id))

此模型估计组和状态的固定效果以及它们之间的相互作用（R自动将group*state扩展为group + state + group*state）并估算每个效果的随机截距组和每只小鼠。