Question

假定无向图中的节点x已知是连接组件的一部分，我试图找到属于x组件的所有节点。

我当前的实现标识了无向图中的所有组件，因此无法用于大图。我目前使用来自ggm库的connectedComp来执行此操作，但宁愿从节点x开始从RBGL运行BFS，并在其组件完全探索后终止。有关如何做到这一点的任何建议？此外，任何可以从R调用的并行图算法实现的信息都将受到赞赏。

library("ggm")
x <- 2

> graph
   1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
1  0 0 0 0 0 0 0 0 0  0
2  0 0 1 0 0 1 0 0 0  0
3  0 1 0 0 0 1 1 1 0  0
4  0 0 0 0 0 0 0 0 0  0
5  0 0 0 0 0 0 0 0 0  0
6  0 1 1 0 0 0 0 0 0  0
7  0 0 1 0 0 0 0 0 0  0
8  0 0 1 0 0 0 0 0 0  0
9  0 0 0 0 0 0 0 0 0  0
10 0 0 0 0 0 0 0 0 0  0

graph_object <- as(graph, "graphNEL")

# All connected components of graph using connectedComp function:
comp_list <- connectedComp(graph_object)
> comp_list
$`1`
[1] "1"

$`2`
[1] "2" "3" "6" "7" "8"

$`3`
[1] "4"

$`4`
[1] "5"

$`5`
[1] "9"

$`6`
[1] "10"

# Extract adjacency matrix of component containing x:

comp_x <- seq_along(comp_list)[sapply(comp_list, FUN=function(list) x %in% list)]
> comp_x
[1] 2

comp_x_list <- comp_list[[comp_x]]
> comp_x_list
[1] "2" "3" "6" "7" "8"

comp_x <- graph[comp_x_list, comp_x_list]
> comp_x
  2 3 6 7 8
2 0 1 1 0 0
3 1 0 1 1 1
6 1 1 0 0 0
7 0 1 0 0 0
8 0 1 0 0 0

Answer 1

在我看来，使用Union-find预处理图表会给你最好的结果如果将图形存储为边缘列表而不是邻接矩阵，则会更快。

如果您需要并行解决方案，那么您应该阅读bfs in hadoop

R中无向图的快速连通分量识别

1 个答案: