密度图比较R中的两列

Question

对于26000个基因，我有一个像这样的Chip-seq结果数据矩阵

LncRNA_ID          LncRNA_Name       Control_Raw_TagCount ICLIP_EZH2_Raw_TagCount
1        AK092525                             47908                  194887
2 ENST00000423879  RP11-12M5.1                10794                   90146
3        AF318349                              5514                   61617
4 ENST00000506392 CTC-313D10.1                  288                   40880
5 ENST00000438080 RP11-177A2.4                25005                   37380
6        AK123756                               800                   35469

我想绘制两个样本，对照和EZH2（即第3列和第4列）的计数密度，以便比较它们。我正在使用R而且我很困惑，主要是因为我无法将它们绘制为直方图，我得到一个只有一个条形的图形而不是我正在等待的所有条形图，如果我有兴趣做一个箱形图则相同。可能是一个非常愚蠢的问题，但我有点绝望

ezh2<-data$ICLIP_EZH2_Raw_TagCount
control<-data$Control_Raw_TagCount
hist(ezh2)# not working, i can't see distribution at all 

你有任何想法吗？

提前致谢

Answer 1

箱形图，两列粘在一起然后沿着组分开：

N     <- length(d$Control_Raw_TagCount)
x     <- c(d$Control_Raw_TagCount, d$ICLIP_EZH2_Raw_TagCount)
group <- rep(c("Control_Raw_TagCount", "ICLIP_EZH2_Raw_TagCount"), c(N, N))
boxplot(x ~ group)

此处我假设数据名称为d，因此请根据您的数据框名称进行调整。如果你想要空心直方图（参见OpenIntro Statistics的第26页），histPlot包中的openintro函数将使用参数probability=TRUE, hollow=TRUE来完成这一操作：

# install.packages("openintro")
library(openintro)
histPlot(d$Control_Raw_TagCount, probability=TRUE, hollow=TRUE)
histPlot(d$ICLIP_EZH2_Raw_TagCount, probability=TRUE, hollow=TRUE,
         lty=3, border='red')

如果垂直刻度不正确，请在第一次调用ylim时添加histPlot参数（例如ylim=c(0,0.05)）。