Question

我有50个不同的fasta文件，我想用程序（glsearch36）来分析。这些文件编号为3163proph00.fa - 3163proph49.fa。

我想将使用SGE排队系统作为阵列作业的这些50个几乎相同的作业提交给集群。

一个问题是SGE要求SGE_TASK_ID为1-50，所以我首先必须创建变量i并减去1得到0.然后我创建了j，因为数字有一个前导零。

我对bash不太熟悉，所以我确信在从SGE_TASK_ID到i到j时出现了一些语法错误。

当我提交此文件时，我收到以下错误“非法变量名称。”。

任何帮助都将不胜感激。

谢谢，

#!/bin/bash
#$ -cwd
#$ -t 1-50
#$ -e glsearch.err
#$ -o glsearch.out
#$ -N glsearch

#  really the files are 00-49
i=$(($SGE_TASK_ID - 1))
j= printf "%02d" "$i"
echo $j
/g/bor/x86_64/bin/glsearch36 -T 1 /g/bor/Viruses/3163_proph_split50/3163proph$j.fa /g/bor/Viruses/prophage_region.fna > glsearch_3163proph$j.txt

Answer 1

$ ((...))

space

没有 =

将 printf 加入 $(...)

i=$((SGE_TASK_ID - 1))
j=$(printf "%02d" "$i")

Answer 2

我怀疑你的作业是在posix_compliant队列中运行的，/ bin / csh是默认的shell。因为队列是posix_compliant你的＃！将忽略该行，并使用默认shell。您可以使用-S指令覆盖默认shell到Grid Engine。

#$ -S /bin/bash

如何在SGE上执行阵列作业 -

2 个答案: