汉明距离

Question

我的工作是遗传学，我使用汉明距离（在Matlab中）来计算病毒基因型之间的遗传距离。

例如：类型1具有结构01234，类型2具有结构21304等。显然存在许多基因型。因为基因型长度相同，我认为使用汉明距离会很好。

我的问题是：如何根据汉明距离订购基因型。另一种方法是：如何根据它们之间的汉明距离将基因型分类为簇？

由于

Answer 1

您可以使用多种方法来聚类此类数据。 根据距离矩阵，您可以使用UPGMA或neighbor joining

单链接或完全连锁也是基于距离的簇方法。