Question

我有一个qsub脚本

#####----submit_job.sh---#####
    #!/bin/sh
    #$ -N job1
    #$ -t 1-100
    #$ -cwd
    SEEDFILE=/home/user1/data1
    SEED=$(sed -n -e "$SGE_TASK_ID p" $SEEDFILE)
    /home/user1/run.sh $SEED

问题是 - 它将所有错误和输出文件（job1.eJOBID＆amp; job1.oJOBID）放在我运行qsub submit_job.sh的同一目录中，而我想保存这些文件（输出和错误日志）文件位于相同的不同位置（指定为$ SEED_output）。我试图将行更改为

/home/user1/run.sh $SEED -o $SEED_output

但它没有用。有什么建议??如何指定默认输出和错误日志文件的路径和名称？

Answer 1

通常，错误和输出文件在qsub脚本中作为pbs指令给出，或者作为qsub脚本的命令行选项给出，如下所示：

#! /bin/bash
#PBS -q queue_name
#PBS -A account_name
#PBS -l nodes=12:ppn=12
#PBS -l walltime=18:00:00
#PBS -e /mypath/error.txt
#PBS -o /mypath/output.txt

或作为qsub的命令行选项，如：

qsub -o /mypath/output.txt -e /mypath/error.txt submit_job.sh

使用第一个选项我不认为你可以使用变量，因为shell不会看到被注释的行。另外我认为PBS会在shell之前处理注释行。如果您在调用qsub时知道路径，则可以尝试第二个选项。或者，您可以尝试简单地重定向脚本本身的输出和错误：

/home/user1/run.sh $SEED > ${SEED}/output.txt 2> ${SEED}/error.txt

第三种选择可能是最简单的。可能仍会在运行目录中创建输出和错误文件，但它们可能是空的。

Answer 2

乍一看，您需要在-o声明中围绕变量使用括号。

/home/user1/run.sh $SEED -o ${SEED}_output

否则bash正在寻找一个名为$ {SEED_output}的变量，该变量不存在。

Answer 3

我遇到了同样的问题。我的解决方法是：

#$ -N script-name
#$ -wd <path-to-project>/log 
cd ..

在 qsub 脚本中。现在错误和输出文件保存在 <path-to-project>/log 并且该脚本适用于 <path-to-project> 至少对我来说有效

如何在qsub中指定错误日志文件和输出文件

3 个答案: