Question

我正在使用PBSPro并尝试使用qsub命令行提交作业，但似乎无法将输出和错误文件命名为我想要的方式。目前正在使用：

  qsub -N ${subjobname_short} \
       -o ${path}.o{$PBS_JOBID} -e ${path}.e${PBS_JOBID}
       ... submission_script.sc

Where $path=fulljobname      (i.e. more than 15 characters)

我知道在提交作业之前，$ PBS_JOBID不会被设置...

有什么想法吗？

由于

Answer 1

如果您希望PBSPro解析$ {PBS_JOBID}，则需要在命令行中对其进行转义：

qsub -o \$PBS_JOBID

否则，bash将在到达qsub命令之前尝试解析$ PBS_JOBID。我不知道$ subjobname_short和$ path是否是实际的环境变量或你想要pbs解析的那些，但是如果你想让pbs解决它们你还需要逃避这些变量或将它放在工作中脚本。

注意：我还注意到你的-o参数说{$ PBS_JOBID}并且我非常确定你想要$ {PBS_JOBID}。我不知道这是问题中的拼写错误，还是你试图传递给qsub的内容。

Answer 2

我提出的解决方案是使用qalter命令跟随qsub命令，如下所示：

jobid=$(qsub -N ${subjobname_short} submission_script.sc)
qalter -o ${path}.o{$jobid} -e ${path}.e${jobid} ${jobid}

这样，PBS Pro不需要解析变量，因为它在我们的安装中没有这样做（这可能是配置问题）

PBSPro qsub输出错误文件，指向名称为jobid的路径

2 个答案: