为什么Torque qsub不会创建输出文件？

Question

我尝试通过Torque PBS使用命令

启动集群任务

qsub -o a.txt a.sh

文件a.sh包含单个字符串：

hostname

命令qsub后，我发出qstat命令，给出下一个输出：

Job ID                    Name             User            Time Use S Queue
------------------------- ---------------- --------------- -------- - -----
302937.voms               a.sh             user            00:00:00 E long

5秒后命令qstat返回空输出（队列中没有作业）。 命令

qsub --version

给出输出：版本：2.5.13

命令

which qsub

输出：/ usr / bin / qsub

问题是文件a.txt（来自命令qsub -o a.txt a.sh）未创建！在终端只返回作业ID，没有任何错误。命令

 qsub a.sh

具有相同的行为。我该怎么办呢？ qsub日志文件在哪里有错误？

如果我使用命令

qsub -l nodes=node36:ppn=1 -o a.txt a.sh

然后输出我可以在文件夹

中找到的文件

/var/spool/pbs/undelivered

在node36上的

（在ssh登录之后）。 输出文件包含字符串“node36”，错误文件为空。 为什么我的文件“未送达”？

Answer 1

输出日志和错误日志文件保存在假脱机目录中的执行节点上，并在作业完成后复制回头节点。假脱机目录的位置可能会有所不同。但你应该寻找它 下 <{1}}位于已分配作业的节点列表的第一个节点上。

有多种原因导致扭矩无法传递输出文件。

1. 提交作业的用户可能不存在于节点上，或者可能无法访问其主目录，或者群集节点之间存在用户ID不匹配。
2. Torque正在使用ssh将文件复制到头节点，但是在所有节点上尚未一致地设置用户在群集中进行ssh的无密码公钥身份验证。
3. 在执行作业期间节点失败。

此列表并非完整。已经在Stack Overflow上可以找到许多处理这种故障的问题。尝试检查以上任何一种情况是否适用于您的情况。

Answer 2

您（或其他发现此线程的人）也应查看此处给出的解决方案： PBS, refresh stdout

如果您拥有管理员权限，则可以设置

$spool_as_final_name true

这会使输出直接写到最终目标。