在群集上执行qsub作业后检查实时输出

Question

这是我的pbs文件：

#!/bin/bash 
#PBS -N myJob 
#PBS -j oe
#PBS -k o 
#PBS -V
#PBS -l nodes=hpg6-15:ppn=12
cd ${PBS_O_WORKDIR}

./mycommand

在qsub文档页面上，好像我放了一行 PBS -k o，我应该能够在我的家庭目录中检查名为myJob.oJOBID的文件中的实时输出。但是，当我在运行时通过tail -f或cat或more检查输出时，它在文件中不显示任何内容。只有当我终止作业时，文件才会显示输出。有什么我应该检查以使流实时刷新到输出文件吗？

Answer 1

默认情况下，文件在节点上创建，并在作业完成时复制到主目录。群集管理员可以通过添加＆＃34; $ spool_as_final_name true＆＃34;来更改此行为。到每个节点上的mom_priv目录中的配置文件。

Torque MOM Configuration, parameters

Answer 2

假设您被允许登录到运行您的进程的节点（在工作期间，集群的管理员允许这样做，不确定这是否常见），那么您可以实时输出由

1. 获取流程的PID
2. 浏览通过lsof -n -p <PID>打开的该文件，并找到名称“看起来像”日志文件的文件。在我们的集群中，文件是

/cm/local/apps/pbspro-ce/var/spool/spool/[JOBID][server].OU
/cm/local/apps/pbspro-ce/var/spool/spool/[JOBID][server].ER

.OU是stdout，而.ER是stderr。然后，您可以tail -f以获得实时输出。

尽管lsof的输出可能很长，所以您应该尝试grep键入您的JOBID，或者也许pbspro-ce/var/spool/这一点。

想知道是否可以在我们自己的集群以外的集群中复制它。