Question

我可以访问一个128核集群，我想在其上运行并行作业。集群使用Sun GridEngine，我的程序编写为使用Python 2.5.8上的Parallel Python，numpy，scipy运行。在单个节点（4核）上运行作业比单个核心提高了约3.5倍。我现在想把它提升到一个新的水平，并将作业分成~4个节点。我的qsub脚本看起来像这样：

#!/bin/bash
# The name of the job, can be whatever makes sense to you
#$ -N jobname

# The job should be placed into the queue 'all.q'.
#$ -q all.q

# Redirect output stream to this file.
#$ -o jobname_output.dat

# Redirect error stream to this file.

#$ -e jobname_error.dat

# The batchsystem should use the current directory as working directory.
# Both files will be placed in the current
# directory. The batchsystem assumes to find the executable in this directory.
#$ -cwd

# request Bourne shell as shell for job.
#$ -S /bin/sh

# print date and time
date

# spython is the server's version of Python 2.5. Using python instead of spython causes the program to run in python 2.3
spython programname.py

# print date and time again
date

有没有人知道如何做到这一点？

Answer 1

是的，您需要在脚本中包含Grid Engine选项-np 16，如下所示：

# Use 16 processors
#$ -np 16

或在提交脚本时在命令行上。或者，对于更长久的安排，请使用.sge_request文件。

在我曾经使用的所有GE安装中，这将根据需要在尽可能少的节点上为您提供16个处理器（或处理器核心），因此如果您的节点有4个核心，您将获得4个节点，如果他们有8 2等等。要开始工作，比如8个节点上的2个核心（如果每个进程需要大量内存，你可能想要这样做）稍微复杂一些，你应该咨询你的支持团队。

在GridEngine集群的多个节点上运行作业

1 个答案: