Question

我正在尝试使用qsub提交python作业，然后使用subprocess和qsub提交其他几个作业。

我使用下面显示的2个bash脚本提交这些作业。 run_test是第一个提交的，run_script是通过子进程提交的。

$ cat run_test
#$ -cwd
#$ -V
#$ -pe openmpi 1
mpirun -n 1 python test_multiple_submit.py

$ cat run_script
#$ -cwd
#$ -V
#$ -pe openmpi 1
mpirun -n 1 python $1

我遇到第二个脚本的问题，它似乎挂在mpirun调用上。关于＆＃39; module＆＃39;之前我从bash那里得到了一个错误。没找到，但最近已经消失了。

python脚本的简化版本如下所示

import subprocess

subprocess.Popen(cmd)

subprocess.Popen('qsub run_script '+input)

<Some checks to see if jobs are still running>

第一个子进程在当前节点上运行一个案例，第二个子进程应该将作业外包到另一个节点，然后进行一些检查以查看作业是否仍在运行。还有一些其他位可以提交其他工作，但我很确定这不是脚本的问题。

任何人都可以了解第二个脚本失败的原因吗？

Answer 1

我发现群集上的计算节点不是提交主机，因此我收到了错误。唯一的提交主机是头节点。

qconf -ss

以上列出了提交主机。要将管理节点添加到峰会列表中，请执行以下操作：

qconf -as < host name>

Qsub作业使用来自群集上的工作节点的子进程

1 个答案: