R热图着色取决于高于或低于零的值

Question

我正在尝试在R中制作热图，其中我的数据范围为-5到+50。我希望0的值为白色，0到-5之间的值在从白色到蓝色的渐变上着色，0到+50之间的值从白色到红色。理想情况下，我也喜欢使用相同的缩放比例，即-5处的蓝色暗度与+5处的红色暗度相同。

我有热图的工作代码，整个数据集的渐变从蓝色变为红色，白色着色点接近数据的平均值。

hv <- heatmap.2(data_matrix,
    scale="none",
    Rowv=NA, 
    Colv=NA, 
    col = rev(brewer.pal(11,"RdBu")), 
    margins=c(5,5), 
    cexRow=0.5, cexCol=1.0,
    ylab= "Mutations",
    main = "heatmap", 
    key=TRUE,keysize=1.5, trace="none")

任何建议都将不胜感激。

干杯！

Answer 1

您需要将这些添加到您的功能中。

break = c（5/6 * -5,5 / 6 * -4,5 / 6 * -3,5 / 6 * -2,5 / 6 * -1,0,5 / 6 * 1， 50/6 * 1,50 / 6 * 2,50 / 6 * 3,50 / 6 * 4,50 / 6 * 5）

符=断裂

这指定您在热图中使用的中断。 您可能会尝试稍微捏一下数字，并且可能会添加一些颜色和中断，中断的数量应该是颜色数+ 1。

给予：

library(RColorBrewer) 
library(gplots)
data_matrix <- cbind(c(rnorm(30,-2.5,sd= 0.85),rnorm(30,25,sd= 8),rnorm(30,6,sd= 3)),
            c(rnorm(30,-2.5,sd= 0.85),rnorm(30,25,sd= 8),rnorm(30,6,sd= 3)),
            c(rnorm(30,-2.5,sd= 0.85),rnorm(30,25,sd= 8),rnorm(30,6,sd= 3)),
            c(rnorm(30,-2.5,sd= 0.85),rnorm(30,25,sd= 8),rnorm(30,6,sd= 3)))

breaks = c(5/6* -5, 5/6* -4, 5/6* -3, 5/6* -2, 5/6* -1, 0 ,5/6* 1, 50/6*1, 50/6*2, 50/6*3, 50/6*4, 50/6*5)
hv <- heatmap.2(data_matrix, 
    scale="none",
    Rowv=NA,
    Colv=NA,
    col = rev(brewer.pal(11,"RdBu")),
    margins=c(5,5),
    cexRow=0.5, cexCol=1.0, 
    breaks=breaks,
    ylab= "Mutations",
    main = "heatmap",
    key=TRUE,keysize=1.5, trace="none")

Answer 2

如果您的数据从-5到+50，正负值的渐变将使负色看起来几乎全白，

相比之下，完整的色调版本就是这样，