我正在使用ComplexHeatmap
包来表示不同GRanges
之间的交集。小插图有一些很好的示例来绘制它:
library(circlize)
library(ComplexHeatmap)
library(GenomicRanges)
lt2 = lapply(1:4, function(i) generateRandomBed())
lt2 = lapply(lt2, function(df) GRanges(seqnames = df[, 1],
ranges = IRanges(df[, 2], df[, 3])))
names(lt2) = letters[1:4]
m = make_comb_mat(lt2)
UpSet(m)
非常方便。但是,UpSet
函数不会在每个小节上方绘制交点号,例如upset
包中的姐妹函数UpSetR
:
library('UpSetR')
movies <- read.csv( system.file("extdata", "movies.csv", package = "UpSetR"),
header=T, sep=";" )
require(ggplot2); require(plyr); require(gridExtra); require(grid);
upset(movies,
sets = c("Action", "Comedy", "Drama"),
order.by="degree", matrix.color="blue", point.size=5,
sets.bar.color=c("maroon","blue","orange"))
upset
函数不允许m
对象。因此,我想我需要使用UpSet
。但是,有人可以帮我把电话号码弄到条子上方吗?我找不到容易绘制的参数,甚至找不到内部函数如何定义它的参数。我将不胜感激。