Question

我是一个非常非常平庸的程序员，但我仍然希望使用igraph python库来确定用户在给定论坛中的中心性，以预测他后来对该论坛的贡献。

我与使用NetworkX库做其他类似事情的其他人取得了联系，但考虑到论坛目前的规模，计算精确的中心性指数实际上是不可能的 - 只需花费太多时间。 / p>

这是他的代码：

import networkx as netx
import sys, csv

if len(sys.argv) is not 2:
   print 'Please specify an input graph.'
   sys.exit(1)

ingraph = sys.argv[1]
graph = netx.readwrite.gpickle.read_gpickle(ingraph)

num_nodes = len(graph.nodes())
print '%s nodes found in input graph.' % num_nodes
print 'Recording data in centrality.csv'

# Calculate all of the betweenness measures
betweenness = netx.algorithms.centrality.betweenness_centrality(graph)
print 'Betweenness computations complete.'
closeness = netx.algorithms.centrality.closeness_centrality(graph)
print 'Closeness computations complete.'

outcsv = csv.writer(open('centrality.csv', 'wb'))

for node in graph.nodes():
   outcsv.writerow([node, betweenness[node], closeness[node]])

print 'Complete!'

我尝试用igraph库编写类似的东西（允许快速估算而不是精确计算），但我似乎无法将数据写入CSV文件。

我的代码：

import igraph
import sys, csv

from igraph import *

graph = Graph.Read_Pajek("C:\karate.net")

print igraph.summary(graph)

estimate = graph.betweenness(vertices=None, directed=True, cutoff=2)
print 'Betweenness computation complete.'

outcsv = csv.writer(open('estimate.csv', 'wb'))

for v in graph.vs():
   outcsv.writerow([v, estimate[vs]])

print 'Complete!'

我无法在igraph文档中找到如何调用单个顶点（或NetworkX术语中的节点），这样我就会收到错误消息。也许我也忘了别的东西;程序员注意到我可能太糟糕了：P

我做错了什么？

Answer 1

因此，为了清楚起见，以下最终证明了这一点：

import igraph
import sys, csv

from igraph import *
from itertools import izip

graph = Graph.Read_GML("C:\stack.gml")

print igraph.summary(graph)

my_id_to_igraph_id = dict((v, k) for k, v in enumerate(graph.vs["id"]))

estimate = graph.betweenness(directed=True, cutoff=16)
print 'Betweenness computation complete.'

print graph.vertex_attributes()

outcsv = csv.writer(open('estimate17.csv', 'wb'))

outcsv.writerows(izip(graph.vs["id"], estimate))

print 'Complete!'

Answer 2

正如您已经注意到的那样，使用图形对象的vs属性访问igraph中的各个顶点。 vs的行为类似于列表，因此迭代它将产生图的顶点。每个顶点由Vertex类的实例表示，顶点的索引由其index属性给出。（请注意，igraph使用顶点和边缘的连续数字索引，因此您需要index属性并且不能直接使用原始顶点名称。）

我认为你需要的是最初存储在输入文件中的顶点的名称。名称存储在name或id顶点属性中（取决于您的输入格式），因此您需要的可能是：

for v in graph.vs:
    outcsv.writerow([v["name"], estimate[v.index]])

请注意，通过索引顶点对象来访问顶点属性，就好像它是一个字典一样。另一种方法是将vs对象直接用作字典;这将为您提供一个列表，其中包含所有顶点的给定顶点属性的值。 E.g：

from itertools import izip

for name, est in izip(graph.vs["name"], estimate):
    outcsv.writerow([name, est])

使用生成器表达式的更快版本：

outcsv.writerows(izip(graph.vs["name"], estimate))

利用Igraph图书馆确定中介中心性

2 个答案: