用R检索GWAS信息

Question

我正试图从GWAS catalog获取与疾病相关的具体信息。这可以通过电子表格下载直接从网站完成。但是我想知道我是否可以在R中以编程方式进行。任何建议都将非常感谢。

感谢。

Avoks

Answer 1

检查函数download.file（）和包rcurl（http://cran.r-project.org/web/packages/RCurl/index.html） - 这应该做你想要的

Answer 2

您必须先下载 .tsv 文件并手动编辑它们。    这是因为GWAS目录文件包含HTML符号，例如“Behçet病”中的 ＆amp;＃x000A7 （定义特殊的第四个字母）。这些符号中的 ＃ 将被R解释为行尾，因此您将收到错误消息，例如：

line 2028 did not have 34 elements

所以你首先打开它，在纯文本编辑器中打开，自动用空字符替换每个 ＃ ，然后只用以下内容将其加载到R中：

read.table("gwas_catalog_v1.0-associations_e91_r2018-02-21.tsv",sep="\t",h=T,stringsAsFactors = F,quote="")