GenABEL：失踪的性别＆＃34; NA＆＃34;在工厂GWAS

Question

我想在二倍体植物物种中使用GenABEL用于GWAS，但GenABEL因为它需要性别而且坚持使用＃34; pheno文件中的列。它应该填充＆＃34; 1＆＃34;对于男性或＆＃34; 0＆＃34;对于女性。但我正在与一种植物物种合作。我该怎么办？

R中的错误：

impute <- load.gwaa.data(phe="traits.dat", gen="gen0tped.raw", force=TRUE)

  

错误if（length（a）== 1＆amp;＆amp;！（names（a）[1] == 0 || names（a）[1] == 1））stop（＆＃34;名为\＆＃34; sex \＆＃34;的列包含1个代码，它既不是0（=女性），也不是1（=男性）＆＃34;）：     缺少需要TRUE / FALSE的值

Answer 1

来自?load.gwaa.data的详情部分：

  

表型文件的第一列必须包含主题'   唯一ID，名为“id”;还应该有一个名为“sex”的列   提供性信息（0 =女性，1 =男性）。其他专栏   文件应包含表型信息。缺少值应该是   以“NA”编码

因此，请尝试将sex列包含在每个值NA。

中

另外，请联系维护人员（packageDescription("GenABEL", fields = c("Maintainer", "BugReports"))），解释可以在性别不相关的事情上完成GWAS。