连接两个图形（一个在另一个）GWAS

Question

我有这段代码可以生成2种不同类型的图形（曼哈顿图和QQ图）

# Set up the work directory in which all data is gonna be extracted
gwasResults2 = read.csv("DWStem.csv") #Change name of the file
library(qqman) #Run to create plots
library(cowplot)
library(extrafont)
library(grid)
library(cowplot)
library(gridExtra)
MH <- manhattan(gwasResults2, chr="CHR", bp="BP", snp="SNP", p="P", 
                     col = c("chartreuse2", "darkorange1", "gold1"),ylim=c(0,-log10(1e-06)), chrlabs = NULL,
                     suggestiveline = -log10(1e-03), genomewideline = -log10(1e-05),
                     highlight = NULL, logp = TRUE, annotatePval = NULL,
                     annotateTop = TRUE, main='DWStem')
QQ <- qq(gwasResults2$P, main='DWStem', pch = 24, cex=1, col="gold", bg="brown1", lwd=1, xlim=c(0,5), ylim=c(0,5)) #Run to create qqplot $P need to be there!

Total <- plot_grid(MH, QQ, labels = c("a", "b"), ncol = 2)

但是显然我不能将它们放在一起，因为我遇到下一个错误：

  

plot_to_gtable（x）中的错误：         参数必须是“ ggplot”，“ gtable”，“ grob”，“ recordedplot”类，或者是在调用时会绘制到R图形设备的函数，但它是一个列表

关于如何解决的任何想法？ 提前谢谢！ ：D

Answer 1

函数manhattan和qq产生基本图形，而不是网格图形。您需要使用基本的图形方法进行布局。例如，使用可复制的数据，

par(mfrow=c(1,2))
manhattan(gwasResults, main = "a")
qq(gwasResults$P, main = "b")

产生

如果您的绘图使用了网格图形（由grid，ggplot2或lattice生成），则您的方法将有效。如果有些使用网格，有些使用基本图形，则可以将它们混合在同一显示中，但这并不容易。请参阅gridBase和gridGraphics软件包。

编辑添加：

如果您安装了gridGraphics，则将基本图形与网格图形混合起来实际上并不是很糟糕。您只需将MH和QQ设置为生成图形的函数，而不是图形本身。例如，

MH <- function() { manhattan(gwasResults) }
QQ <- function() { qq(gwasResults$P) }
Total <- plot_grid(MH, QQ, labels = c("a", "b"), ncol = 2)

打印Total时，您会得到以下提示：

图形丢失了y轴标签，但看起来还不错。