如何在R中叠加密度图？

Question

我想用R覆盖同一设备上的2个密度图。我该怎么做？我在网上搜索但我没有找到任何明显的解决方案（我对R来说很新）。

我的想法是从文本文件（列）中读取数据，然后使用

plot(density(MyData$Column1))
plot(density(MyData$Column2), add=T)

这种精神很好......

提前致谢

Answer 1

使用lines作为第二个：

plot(density(MyData$Column1))
lines(density(MyData$Column2))

确保第一个图的限制是合适的。

Answer 2

ggplot2是另一个图形软件包，可以处理像Gavin以漂亮方式提到的范围问题。它还处理自动生成适当的传说，并且通常在我看来开箱即用，手动操作更少。

library(ggplot2)

#Sample data
dat <- data.frame(dens = c(rnorm(100), rnorm(100, 10, 5))
                   , lines = rep(c("a", "b"), each = 100))
#Plot.
ggplot(dat, aes(x = dens, fill = lines)) + geom_density(alpha = 0.5)

Answer 3

只是提供一套完整的设置，这是使用lattice的Chase答案版本：

dat <- data.frame(dens = c(rnorm(100), rnorm(100, 10, 5))
                   , lines = rep(c("a", "b"), each = 100))

densityplot(~dens,data=dat,groups = lines,
            plot.points = FALSE, ref = TRUE, 
            auto.key = list(space = "right"))

产生如下情节：

Answer 4

添加负责y轴限制的基本图形版本，添加颜色并适用于任意数量的列：

如果我们有数据集：

myData <- data.frame(std.nromal=rnorm(1000, m=0, sd=1),
                     wide.normal=rnorm(1000, m=0, sd=2),
                     exponent=rexp(1000, rate=1),
                     uniform=runif(1000, min=-3, max=3)
                     )

然后绘制密度：

dens <- apply(myData, 2, density)

plot(NA, xlim=range(sapply(dens, "[", "x")), ylim=range(sapply(dens, "[", "y")))
mapply(lines, dens, col=1:length(dens))

legend("topright", legend=names(dens), fill=1:length(dens))

给出了：

Answer 5

我采用了上面的格子示例并且做了一个漂亮的功能。通过熔化/铸造重塑可能有更好的方法。 （如果您看到改进，请进行评论或编辑。）

multi.density.plot=function(data,main=paste(names(data),collapse = ' vs '),...){
  ##combines multiple density plots together when given a list
  df=data.frame();
  for(n in names(data)){
    idf=data.frame(x=data[[n]],label=rep(n,length(data[[n]])))
    df=rbind(df,idf)
  }
  densityplot(~x,data=df,groups = label,plot.points = F, ref = T, auto.key = list(space = "right"),main=main,...)
}

使用示例：

multi.density.plot(list(BN1=bn1$V1,BN2=bn2$V1),main='BN1 vs BN2')

multi.density.plot(list(BN1=bn1$V1,BN2=bn2$V1))

Answer 6

我就是这样做的基础（它在第一个回答评论中实际提到了，但我会在这里显示完整的代码，包括传说，因为我还无法发表评论......）

首先，您需要从密度图中获取y轴最大值的信息。所以你需要先分别计算密度

dta_A <- density(VarA, na.rm = TRUE)
dta_B <- density(VarB, na.rm = TRUE)

然后根据第一个答案绘制它们，并定义您刚刚获得的y轴的最小值和最大值。 （我将最小值设置为0）

plot(dta_A, col = "blue", main = "2 densities on one plot"), 
     ylim = c(0, max(dta_A$y,dta_B$y)))  
lines(dta_B, col = "red")

然后在右上角添加一个图例

legend("topright", c("VarA","VarB"), lty = c(1,1), col = c("blue","red"))

Answer 7

每当出现轴限制不匹配的问题时，base图形中的正确工具就是使用matplot。关键是利用from的{​​{1}}和to参数。这有点hackish，但推动自己相当直接：

density.default

根据需要添加铃声和口哨（set.seed(102349) x1 = rnorm(1000, mean = 5, sd = 3) x2 = rnorm(5000, mean = 2, sd = 8) xrng = range(x1, x2) #force the x values at which density is # evaluated to be the same between 'density' # calls by specifying 'from' and 'to' # (and possibly 'n', if you'd like) kde1 = density(x1, from = xrng[1L], to = xrng[2L]) kde2 = density(x2, from = xrng[1L], to = xrng[2L]) matplot(kde1$x, cbind(kde1$y, kde2$y)) 接受所有标准matplot / plot参数，例如par，lty，type ，col，...）。

Answer 8

您可以使用ggjoy软件包。假设我们有三种不同的beta分布，例如：

set.seed(5)
b1<-data.frame(Variant= "Variant 1", Values = rbeta(1000, 101, 1001))
b2<-data.frame(Variant= "Variant 2", Values = rbeta(1000, 111, 1011))
b3<-data.frame(Variant= "Variant 3", Values = rbeta(1000, 11, 101))


df<-rbind(b1,b2,b3)

您可以得到三种不同的分布，如下所示：

library(tidyverse)
library(ggjoy)


ggplot(df, aes(x=Values, y=Variant))+
    geom_joy(scale = 2, alpha=0.5) +
    scale_y_discrete(expand=c(0.01, 0)) +
    scale_x_continuous(expand=c(0.01, 0)) +
    theme_joy()